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翌年，即开始创办大学，当时董事会请哈佛大学校长艾利阿特（C.W.Eliot）、康奈尔大学校长怀特和密士根大学校长安其尔来研究。
那时以如此巨款办大学，真是空前的一件事，那时该校董事长的意思是要办一“大学”
，可是请来的这三位校长却劝他们要顾及环境，说什么南方不如北方文化高啦，办大学不是从空气里能生长的等语。
后来，董事会请他们三人推选校长，三人却不约而同的选出吉尔曼来当校长。
吉尔曼做了校长，他发表了他的见解说，应全力提倡高等学术，致力于提倡研究考据，把本科四年功课让给别的学校教，我们来办研究院，我们要选科学界最高人才，给他们最高待遇，然后严格选取好学生，使他们发展到学术最高地步，每年并督促研究生报告研究成绩，并给予出版发表机会。
因为那时的高才的教授们，都在教学院的学识浅近的学生，或受书店委托编浅近的教科书，如果给他们安定的生活，最高的待遇，便可以专心从事更高深的研究。
这时吉尔曼四十四岁作该大学校长，并且，他决定了以下的政策：研究院外，办理附属本科。
最初附属本科只二十三个学生，研究院五十多个，大约二与一之比：可是二十多年以后，研究院的学生到了四百多，附属本科仅一百多，却是四与一之比了。
并且，第一步他聘请教授，第一位请的是希腊文教授费尔斯，四十五岁；第二位是物理学教授劳林，才二十八岁；第三位是数学教授塞尔威斯特，六十二岁；第四位是化学教授依洛宛斯；第五位是生物学教授纽尔马丁；第六位也是希腊文拉丁文教授查尔玛特斯。
第二步他选了廿二个研究员，其中至少有十个以上成了大名。
他的教授法，第一二年是背书，后二年讲演，自然科学也是讲演。
第三步是创办科学刊物，这可算是美国发表科学刊物之创始。
一八七六年，出版算学杂志，一八八○年创刊语言学杂志，以及历史政治学杂志、逻辑学杂志、医学杂志等八大杂志，而开始了研究风气。
以上这三件事使美国风云变色。
在这里我再谈谈办医学研究的重要：这个大学开幕已十年，医学院尚未开办，但因投资铁路失败，鲍尔梯玛城之女人出来集款，愿担负五十万美金的开办费，但有一条件是医学院开放招收女生。
当这大学的方针发表后，全美青年震动，有一廿一岁之青年威尔其（Welch），刚毕业于纽约医科学校。
那时无一校有实验室，他因欲入大学，一八七六年赴欧洲作三学期之研究，一八七八年回美国，可是找不到实验室。
最后终找一小屋，这是第一个美国“病理学研究室”
，以廿五元开办。
他作了五六年研究后，有一老人来找他，请他作霍普金斯医学院病理学教授，后并升任院长，创专任基本医学教授之制，而成立了医学研究所。
最后，吉尔曼于一九○二年辞掉他已作了廿五年的校长，在那个典礼上，吉尔曼讲演，他说：约翰斯·霍普金斯给我们钱办大学，可是没有告诉我们大学的一个定义。
我们要把创见的研究，作为大学的基础。
这时，后来任美国总统，也是那个大学的第一班学生威尔逊站起来说：“你是美国第一个大学的创始者，你发现真理、提倡研究，不但是在我们学校有成绩，给世界大学也有影响。
你创始了这师生合作的精神，你是伟大的。”
同时，以前曾被邀请参加创办大学意见的哈佛大学校长艾利阿特发表谈话，他说：“你创立了研究院的大学，并且坚决的提高了全国各大学的学术研究，甚至连我们的哈佛研究院也受了你的影响，不得不用全体力量来发展研究。
我要强调指出，大学在你领导之下是大成功，是提倡科学研究的创始，希望发现一点新知识，由此更引起新知识，这年轻的大学，有最多的成绩。
我最后公开承认你的大学政策整个范围是对的。”
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