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，从环境中输入刺激，输出的是反应。
但显然人们不会对相同的刺激做出完全相同的反应，简单的强化原理并不能圆满解释这一现象。
由于斯金纳忽视对人的内部心理过程（如意识、动机、情感、态度、思维、想象、回忆等）的探讨，亦未提及任何人格特征，致使他对人行为的描画偏于简单和模式化。
他基本无视人类具有思考、计划、渴望和反应能力，也很少关注人们如何以不同的方式知觉到客观上极为相似的刺激，这些刺激是如何被定义的，人们是如何以不同的认知方式处理信息的。
人类既有外显的、可以观察到的行为，也有许多内隐的、肉眼看不见的行为，如果完全否认后者的存在，就像在处理一个徒具空壳的有机体。
（二）由动物研究结论简单地推广到人类
斯金纳的实验只涉及简单的有机体和简单的环境刺激，为了实验的严谨性以及对相关变量的控制，有时甚至将被试置于单一变量中，实质上这种简单的实验情境在实验室之外的人类现实生活中是不可能发生的。
因此，将实验室中对动物的简单、表层行为研究得出的结论类化到实验室外人类复杂的行为是不够准确的。
（三）行为治疗的局限性
行为治疗被提出以后，因为有具体的步骤可遵循，并有相当多的成功案例，所以颇受人们欢迎。
但是，不久人们就对下列问题提出质疑：行为治疗是否对所有患者都有效？行为治疗的成功案例中，由某情境类化到其他情境，由某反应类推到其他反应的可能性有多大？行为治疗结果能否持续一段时间？行为治疗是否对严重程度不同的行为问题都有相同的效果？行为治疗是否因不同的治疗者而异？
虽然行为治疗在处理许多问题行为上相当成功（例如可以缓解焦虑或减轻症状），但是由于行为治疗者只专注于可以观察到的行为，也使这种方法显示出了其局限性，从实质上已经扭曲了真正的治疗主题。
例如，一名抱怨人生缺乏意义的患者，可能会被要求将这种抽象状态以可测量的行为频率加以定义。
行为治疗师可能会计算患者参加快乐活动的次数，并设计治疗计划，针对参加宴会、与友人交谈、阅读书籍等行为给予酬赏。
而事实上这种治疗并未针对患者的真正问题，只是让患者的生活快乐一点，并暂时分散患者对于生命意义的注意力。
关于行为治疗的效果，也遭到了人们的批评。
有些行为治疗只是肤浅、简单的技巧，太注重短期效果。
一旦治疗计划结束，患者的问题行为可能会再次出现，所以行为治疗效果的稳定性、持续性较差。
另外，行为治疗的效果也难以类化到其他情境中。
以代币制为例，在治疗机构中，由于很容易对患者实施控制，所以代币制通常非常有效。
而患者一旦离开治疗机构，在缺乏代币诱因的情况下，原先治疗的肯定效果就会停止，并且通常不会类化到新情境中。
同样，也有研究证明生理反馈法并不像过去所宣称的那样有效。
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